L'anno è il 2009.
.Le tensioni politiche mondiali sono a un punto di rottura quando un aereo di linea commerciale viene abbattuto da un missile statunitense sull'Europa orientale, uccidendo tutti a bordo.. Come il primo moderno gioco di ruolo di spionaggio, Alpha Protocol offre un controllo senza precedenti sullo sviluppo delle abilità di Tho.